Juan nacque, terzogenito, a Fontiveros nel 1542, da Gonzalo de Yepes e da Catalina Alvarez.

Da poco aveva compiuto i due anni quando rimase orfano di padre; fu da allora che cominciò per la sua povera famiglia una vita difficile, anche perché i parenti paterni rifiutarono qualsiasi aiuto.

La madre dovette nel 1548 partire con i figli da Fontiveros verso Arévalo, vicino ad Avila, ove si trattenne per qualche anno. Per la carestia la famiglia si spostò a Medina del Campo, dove Juan venne ammesso al collegio della dottrina dove si insegnava ai ragazzi un mestiere ed imparò a fare un po’ il falegname, il sarto, lo scultore in legno.

Al Carmelo

Ma la sua vocazione lo guidava nell’Ordine del Carmelo e nel 1563 vestì a Medina del Campo infatti l'abito carmelitano, prendendo il nome di Juan de Santo Matía. Dopo un anno di noviziato emise la sua professione religiosa.

Da Medina fu mandato a Salamanca, dove studiò all'Università la filosofia scolastica e teologia e fu pure nominato prefetto degli studenti, funzione allora riservata al più bravo degli studenti stessi. Nel 1567 fu ordinato presbitero a Salamanca, celebrando a Medina la sua Prima Messa.

Il Carmelo allora stava attraversando un periodo di fatica. Juan de Santo Matía, che aveva già chiesto di osservare personalmente la Regola con tutti i suoi digiuni e astinenze, stava meditando di farsi Certosino.

L’incontro con la madre Teresa

Ma nello stesso 1567, incontrò, a Medina del Campo, Teresa de Jesús che gli espose i suoi progetti rimando molto ben impressionata dal giovane frate.

Teresa poi ne scrisse: "Non v'è religioso che non ne dica bene, per le molte penitenze che ha fatto... È un uomo di coraggio... È un uomo di grande orazione e molto intelligente" (Fondazioni 13, 1-5).

Juan tornò a Salamanca per terminare l’anno accademico e poi ripartì con Madre Teresa da Medina, per la fondazione del Carmelo femminile di Valladolid dove poté sperimentare senza la clausura la vita delle prime sorelle con la madre Teresa.

Teresa stessa racconta: "Partii con lui per la fondazione di Valladolid. Siccome restammo alcuni giorni senza clausura a causa degli operai che lavoravano per adattare al bisogno la casa, ne approfittai per fargli conoscere il nostro sistema di vita, facendo in modo che comprendesse a fondo sia la mortificazione che lo stile di fraternità e di ricreazione che abbiamo in comune, il quale è ordinato in maniera tale da farci conoscere i nostri difetti e darci un po' di svago per poi osservare meglio la Regola in tutto il suo rigore. Quel padre (Juan) era così buono, che potevo più io imparare da lui che non lui da me. Ma non era questo che intendevo: volevo soltanto che conoscesse il nostro modo di vivere" (cfr. Fondazioni 13, 1-5).

Alla fine del settembre del 1568 Juan partì da Valladolid per accomodare la povera casa rurale di Duruelo “in maniera di potervi stare alla meno peggio”. Il 28 novembre di quell’anno si celebrò la prima Messa ed egli rivestì il saio di scalzo, che la Madre Teresa stessa gli aveva confezionato, assumendo il nome di Juan de la Cruz.

Così iniziò la vita dei “frati contemplativi” del Carmelo, come il Padre Priore generale Rossi aveva voluto che si chiamassero.

Formatore e confessore

Dal 1569 al 1571 ricoprì la carica di maestro dei novizi, prima a Duruelo e poi a Mancera, dove si erano trasferiti.

Da Mancera si trasferì poi ad Alcalá de Henares, come rettore del collegio dei “carmelitani contemplativi”: la Madre Teresa, trasferita nel monastero dell’Incarnazione, chiese ed ottenne dal Commissario Apostolico che Juan de la Cruz venisse designato come confessore di quel monastero. Pare che egli si sia fermato ad Avila dal 1572 al 1577.

Scoppiarono purtroppo a questo punto delle tensioni tra le scelte dei visitatori e la salvaguardia dell’autonomia dell’Ordine che vedeva il generale essere anche, per incarico del Papa, Visitatore apostolico. In tali tensioni, si inserì il mandato di confessore delle Carmelitane dell’Incarnazione conferito a Giovanni della Croce, non confermato dal nunzio.