Fragile di salute, penitente, ebbe la gioia di avere come confratello e confidente Luigi Gonzaga di cui, in seguito, stese una celebre biografia.

Tra il  e il 1598 Dopo l’ordinazione, fu mandato come vicerettore prima a Siena e poi a Firenze, dove, dal 30 maggio 1598, divenne rettore, conoscendo e seguendo personalmente suor Maria Maddalena de’ Pazzi. Qui emise la professione di quattro voti il 20 dicembre 1598.

In seguito, il padre Virgilio fu docente di teologia a Parma e Padova. Fu più volte rettore del Collegio di Parma, di Castiglione delle Stiviere ed, infine, del Collegio Romano (1620-1623), dove morì il 14 marzo 1631.  

Ricco delle sue competenze fu incaricato di stendere e seguire vari processi di beatificazione da S. Ignazio a Francesco Borgia. Ma il padre Cepari oltre che valido predicatore, conosciuto confessore, fu un prolifico autore di diversi manoscritti educativi, spirituali ed agiografici.

Sono conosciute diverse lettere indirizzate a Gridonia Gonzaga e alle sue sorelle ed altre presenti nel Carmelo di S. Maria degli Angeli e di S. Maria Maddalena de’ Pazzi, solo in parte edite. Un grande successo editoriale riscossero le biografie edite, dedicate a Luigi Gonzaga, a Giovanni Berchmans, Francesco Borgia e a Maria Maddalena de’ Pazzi.

Secondo la prassi corrente della Compagnia, il Cepari propose alle carmelitane fiorentine di coltivare l’orazione mentale in comune. In secondo luogo, alle più motivate, poi all’intera comunità, predicò gli Esercizi ignaziani nel 1599.

Il Cepari, ben inserito nel contesto fiorentino, era informato e consapevole della stima che il domenicano Capocchi (1515-1581) nutriva verso le carmelitane fiorentine. Di ciò, a vari anni dalla sua morte, scriveva alle monache:

"Appunto ieri, intesi con mio gusto da gentiluomini che, quando il Beato Padre Frate Alessandro Capocchi era interrogato da alcuni gentiluomini dove potesse mettere qualche figliuola in monastero, egli soleva rispondere con queste parole: «Noi abbiamo Santa Caterina, Santa Lucia a Ripoli: tutti buoni che vivono tutti in comune. Però, qualche figliuola la potrebbe mettere in Santa Maria degli Angeli che io preferisco a tutti".  

Il rapporto e l’amicizia con le carmelitane era profondo. Particolarmente nella corrispondenza con suor Maria Maddalena de’ Pazzi, il Cepari più volte tornava sui bisogni delle postulanti e novizie che aveva personalmente seguito quando si trovava a Firenze.

I tre anni fiorentini, pur nel contesto di impegni, viaggi e predicazioni, avevano cementato un cammino di fede condiviso ed empatico tanto per il predicatore gesuita che per le carmelitane fiorentine, oranti per vocazione, ma in un’ampia prospettiva ecclesiale e missionaria, estesa fino ai confini del “Nuovo mondo” raggiunto dai figli di Sant’Ignazio.